中小企業成長加速化補助金 3次公募｜締切11/12へ延長・今すぐ確認すべきこと

中小企業成長加速化補助金の3次公募が、2026年9月29日（火）に申請受付を開始しました。あわせて、当初2026年10月29日（木）15:00とされていた申請締切が、2026年11月12日（木）15:00（厳守）へ延長されています。補助上限5億円・補助率1/2という制度の基本骨格は3次公募でも維持されており、売上高100億円超を目指す大型投資を検討する中堅・中小企業にとっては、締切が約2週間延びたことで準備の猶予が生まれた一方、申請の前提となる「100億宣言」の公表手続きには依然として時間がかかる点に変わりはありません。

あわせて重要なのは、公募概要資料に「令和7年度補正予算については、本3次公募をもって終了となる見込み」と明記されている点です。現行予算での公募はこれが最後になる可能性が高く、締切から逆算して、100億宣言の準備を今すぐ始めるべき局面である点は変わりません。

3次公募で何が変わったか（中小企業成長加速化補助金・2026年9月29日更新）

公式サイト（100億企業成長ポータル）によると、直近で次の動きがありました。

• 2026年9月29日：3次公募の申請受付を開始。あわせて公募説明会動画・公募説明会資料・申請様式・交付規程・電子申請マニュアルを公開し、公募要領・公募要領（2次公募対照版）・公募概要資料を更新
• 2026年9月29日：申請受付期間を変更。当初「2026年9月29日（火）〜2026年10月29日（木）15:00」だった期間を、「2026年9月29日（火）〜2026年11月12日（木）15:00（厳守）」へ延長
• あわせて「中小企業成長加速化補助金における圧縮記帳等の適用について」を公開（後述）

公募回ごとに公募要領・様式は異なるため、3次公募に申請する場合は必ず3次公募用の資料を使用してください。2次公募からの変更点は、公開済みの「公募要領（2次公募対照版）」で確認できます。

申請締切が11/12へ延長｜スケジュール（成長加速化補助金 締切）

公式サイトに示された3次公募のスケジュールは次のとおりです（変更の可能性があります）。

• 2026年9月29日（火）：申請受付開始
• 2026年11月12日（木）15:00：申請締切（厳守）（当初予定の10月29日から延長）
• 以降、書面（1次）審査 → プレゼンテーション審査 → 採択結果の公表（交付決定）へと進む

提出後に資料を再提出したい場合は、締切の2営業日前17時までに事前に事務局へ問い合わせたうえで所定の手続きが必要です。事前連絡がない場合は最初に提出した書類で審査されます。締切が延びても、審査プロセスと必要書類の重さは変わりません。「約2週間延びた」ことを準備不足の言い訳にせず、後述の100億宣言・賃上げ計画・資金計画の精度を上げる時間に充ててください。

3次公募の制度概要（公募概要資料より）

公式の公募概要資料に記載された制度の骨子は次のとおりです。細部の適用条件は必ず公募要領本体で確認してください。

• 補助上限額：5億円（補助率1/2）
• 対象者：売上高100億円を目指す中小企業（売上高10億円以上100億円未満）
• 主な要件：①「100億宣言」を行っていること、②投資額1億円以上（専門家経費・外注費を除く補助対象経費分）、③一定の賃上げ要件を満たす今後5年程度の事業計画
• 補助対象経費：建物費、機械装置費、ソフトウェア費（いずれも単価100万円・税抜以上のものに限る）、外注費、専門家経費（外注費・専門家経費の合計は、建物費・機械装置費・ソフトウェア費の合計未満）
• 対象外の例：土地代、建物の単なる購入・賃貸、撤去・解体費用、車両及び運搬具、パソコン・タブレット等の本体費用、事業計画の作成に要する経費

固定資産取得分は圧縮記帳が可能｜税務の取り扱い（成長加速化補助金 圧縮記帳）

今回の更新で、公式サイトに「中小企業成長加速化補助金における圧縮記帳等の適用について」が公開されました。公式サイトの記載によれば、本事業のうち固定資産の取得に充てるための補助金については、圧縮記帳が認められる旨の回答を国税庁から得ているとされています。

圧縮記帳は、補助金を受け取った年度に補助金相当額へ一度に課税されることを避け、課税のタイミングを繰り延べる会計・税務処理です。5億円規模の大型投資では、補助金への一時課税の有無がキャッシュフローに与える影響が大きいため、投資計画・資金繰りを設計する段階で、自社の税務顧問とともに圧縮記帳を前提とした試算をしておくことが重要です。具体的な適用要件・手続きは、必ず公式サイト掲載の文書と税務専門家の確認に基づいて判断してください。

賃上げ要件は「返還ルール」までセットで確認する

賃上げ要件は本補助金の中核であり、未達の場合の補助金返還ルールも公募概要資料に明記されています。

• 基準：補助事業が完了した日を含む事業年度（基準年度）から3事業年度目（最終年度）にかけての「従業員1人当たり給与支給総額」の年平均上昇率が、全国における直近5年間の最低賃金の年平均上昇率（4.5%）以上であること
• 応募申請時に基準率（4.5%）以上の目標を掲げ、交付決定までに従業員等へ表明し、達成することが要件
• 目標を達成できなかった場合は、未達成率に応じて補助金返還となる（天災など事業者の責めに帰さない理由がある場合を除く）

賃上げ率4.5%は、投資後の利益・キャッシュフローから継続的に賃上げ原資を生み出せる事業計画であって初めて達成できる水準です。投資→生産性向上→収益→賃上げの因果が説明できる計画になっているかが問われます。

今すぐ進めるべきこと：100億宣言の申請

本補助金は、申請時までに「100億宣言」が公式ポータルに公表されていることが前提です。公式サイトによれば、100億宣言の公表に係る手続きは通常2〜3週間を要し、記載内容に不備がある場合はさらに時間がかかります。締切が11月12日へ延長されたとはいえ、不備による差し戻しを考えると、宣言申請は早いほど安全です。締切間際は宣言申請の確認に時間を要する可能性があるため、10月中の宣言申請完了を一つの目安に準備を先行させてください。

100億宣言には、①企業概要、②売上高100億円実現の目標と課題、③実現に向けた具体的措置（生産体制増強、海外展開、M&Aなど）、④実施体制、⑤経営者のコミットメント、を盛り込むことが求められます。これらは補助金のための形式的な文章ではなく、自社の成長シナリオそのものであり、補助金申請の投資計画とも整合させる必要があります。

今の局面でのまとめ（3次公募の締切延長と確認点）

• 3次公募は2026年9月29日（火）に受付開始。申請締切は当初の10月29日から11月12日（木）15:00（厳守）へ延長
• 補助上限5億円・補助率1/2・投資額1億円以上（専門家経費・外注費を除く）・賃上げ要件4.5%が骨子。細部は必ず3次公募用の公募要領で確認する
• 固定資産の取得に充てる補助金は圧縮記帳が認められる旨、国税庁の回答が公式サイトに掲載。大型投資では税務・資金繰りへの影響を試算しておく
• 令和7年度補正予算は本3次公募をもって終了となる見込みで、現行予算下では最後の公募回になる可能性がある
• 100億宣言の公表には通常2〜3週間かかるため、締切延長後も宣言申請は早めに（10月中を目安に）完了させる

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出典・情報確認日

• 出典： 中小企業成長加速化補助金・100億企業成長ポータル（公式サイト）
• 情報確認日：2026-09-29

補助金や支援制度は、公募回や時期によって内容が変わります。申請時には必ず最新の公式資料をご確認ください。